O Conselho Diretor é o órgão máximo de natureza normativa, consultiva e deliberativa da FATEO. Nesse organismo são discutidos e deliberados assuntos de natureza estrutural da vida acadêmica e administrativa da Instituição.
Ele é composto por representantes de segmentos da comunidade acadêmica e da sociedade civil, a saber: diretorias (geral, acadêmica e administrativa); coordenadorias dos cursos de graduação e pós-graduação; representante do Chanceler e da Mantenedora; representante docente dos cursos de graduação; representante discente dos cursos de graduação; representante da comunidade; representante do corpo técnico-administrativo.
A direção e coordenação de cursos de graduação têm cadeira cativa no Conselho que coincide com a ocupação e mandato dos respectivos cargos. A representação do Chanceler e da Mantenedora são indicados por eles próprios. O representante docente dos cursos de pós-graduação e da comunidade são indicados pelo presidente do Conselho Diretor. Os representantes docente e discente dos cursos de graduação, bem como do corpo técnico-administrativo, são eleitos por seus pares.
O Conselho se reúne de forma ordinária uma vez no primeiro semestre e uma vez no segundo semestre. Também poderá se reunir de forma extraordinária, conforme demanda e convocação do seu presidente.
Os membros do Conselho colaboram no discernimento de estratégias, a partir do seu nicho específico, que visam a administração global da FATEO.
As discussões e decisões do Conselho Diretor são registradas em atas devidamente datadas e assinadas e podem, conforme a natureza, assumir forma de Resoluções ou Portarias a serem baixadas pelo seu presidente e publicadas em página específica do site institucional.
Os representantes discente e docente dos cursos de graduação mantém um canal direto de comunicação com os seus pares no sistema moodle, devido ao alcance das suas representações. Os outros representantes mantem uma comunicação com seus pares de forma personalizada.